ssh for mpi

여러 대의 컴퓨터를 연결하여 mpi를 실행하기 위해서는 ssh node02 또는 rsh node02 와 같이 실행하여 비밀번호 입력 없이 다른 노드에 접속할 수 있어야 합니다. 여기에서는 ssh를 이용하는 방법을 알아보겠습니다.

node01(mpi를 실행하는 main node)과 node02 두 개의 node가 있다고 생각해보죠.

node01에서

$ssh-keygen –t rsa

명령을 실행하고, 저장 장소를 default로 하여 enter를 치면 인증키 암호를 물어봅니다. 인증키 암호를 두 번 입력합니다(passwd와는 다릅니다). 그럼 ~/.ssh (default directory)에 id_rsa.pub 라는 파일이 생성됩니다.

$ scp  ~/.ssh/id_rsa.pub  user@node02:/home/user/.ssh/autorizd_keys

라고 복사를 한 후 node02에서

$ chmod  755  ~/.ssh

$ chmod  644  ~/.ssh/autorized_keys

라고 permission을 조정해줍니다.

이렇게 하면 node01에서 node02에 접속할 때 passwd가 아닌, 인증키 암호로 접속할 수 있게 됩니다. mpi를 위해, 인증키 암호도 안 쓰고 접속하려면 인증키를 메모리에 상주시키면 됩니다. node01에서

$ eval $(ssh-agent)

를 실행하면 Agend pid ~~ 라고 나오는데,

$ ssh-add

를 실행하면 비밀번호 입력 없이 node02에 접속할 수 있습니다.

$ ssh node02

 

 

* 참고 문서 (GNU free document licence 1.1 이상)

http://wiki.kldp.org/wiki.php/DocbookSgml/SSH-KLDP

Seismic Un*x install

Seismic Un*x 설치 방법

사용자는 gpluser, Bash shell을 사용하고, 설치 경로는 /home/gpluser/lib/SU 라고 가정한다.

$로 시작하는 문장은 terminal에서 실행하는 명령을 의미한다.

1. Seismic Un*x Homepage(http://www.cwp.mines.edu/cwpcodes/)에 가서 최신 버전을 다운 받는다.

2. 다운 받은 파일(예: cwp_su_all_41.tgz)을 /home/gpluser/lib/SU 디렉토리로 옮기고 압축을 푼다.

$ tar –zxvf cwp_su_all_41.tgz

압축을 풀면 ./src 라는 디렉토리가 생긴다.

3. /home/gpluser/.bash_profile 파일을 열어서 다음 줄을 추가하고 source 명령을 실행한다.

export CWPROOT=/home/gpluser/lib/SU

export PATH=$PATH:/home/gpluser/lib/SU/bin

$ source /home/gpluser/.bash_profile

4. 압축을 풀어서 생긴 src 디렉토리로 가서 필요에 따라 Makefile.config 파일을 수정한다.

만약, 설치시 “can’t find $(@F)” 라는 에러가 나면 “include $(CWPROOT)/src/Rules/oldmake.rules” 라는 줄을 comment 처리하고 “include $(CWPROOT)/src/Rules/gnumake.rules” 을 uncomment 한다.

5. SU를 컴파일한다.

$ make install

6. 5번 과정이 끝난 후 ximage와 같은 프로그램을 사용하기 위해

$ make xtinstall

을 실행한다.

이 때 설치 과정 중 에러가 날 경우, 리눅스에 X window 관련 library들이 설치되어 있지 않아 에러가 나는 경우가 많다. 이 때는 필요한 library( libxt-dev )를 설치한 후 다시

$ make xtinstall

을 실행한다.

Ubuntu setup

우분투 리눅스는 리눅스에 익숙하지 않은 일반 사용자라도 사용하기 쉽게 만들어 놓은 리눅스 배포판입니다. 데스크탑에서는 페도라를 사용하지만, 우분투를 노트북에 설치할 경우 윈도우와 듀얼부팅도 쉽게 할 수 있고, 무선랜 등 많은 설정들을 자동으로 해주기 때문에 노트북에 설치하였습니다. 우분투에서는 프로그램 개발에 필요한 소프트웨어들이 기본적으로 설치되지 않기 때문에 이러한 프로그램들은 따로 설치해주어야 합니다.

 

* Basic Compilers (c, fortran)

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install build-essential

sudo apt-get install g++

sudo apt-get install gfortran

 

* Basic programs

sudo apt-get install gnuplot

sudo apt-get install scons

sudo apt-get install mercurial

sudo apt-get install ruby

 

* Seismic Un*x

(sudo apt-get install xt)

sudo apt-get install libxt-dev  => for xtinstall

=> install Seismic Un*x

 

* Intel fortran compiler

sudo apt-get install rpm

sudo apt-get install libstdc++5

sudo apt-get install ia32-libs  => for 64bit machines

=> install Intel fortran compiler

 

*mpich2

mpich2를 설치할 때에는 sudo 명령을 사용해야 합니다.

sudo ./configure –prefix=…

sudo make

sudo make install

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