qsub 로 job 올릴 때 특정 node 빼고 돌리는 법
#!/bin/sh
#$ -cwd
#$ -V
#$ -v MPIHOME={mpi home}
#$ -N {job name}
#$ -S /bin/sh
#$ -pe mpich 20
#$ -A teragonhpc
#$ -j y
#$ -o log.out
#$ -q *@node*&!*04&!*01&!*12$MPIHOME/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines 실행파일
위의 내용은 qsub로 job을 올릴 때 사용하는 script.sh 파일 내용입니다. #$ 마지막 줄에 있는 -q 명령이 node 지정해주는 명령입니다. 위의 명령을 해석해보겠습니다.
1. &는 fortran의 .and. 연산자와 같은 역할을 합니다.
2. *@node* 은 모든 node를 사용하라는 명령입니다.
3. !은 .not. 즉, 부정을 의미합니다.
4. 따라서 !*04 는 04로 끝나는 node는 사용하지 말라는 의미입니다. 마찬가지로 !*01, !*12도 01번과 12번 node를 사용하지 말라는 의미입니다.
정리하면 -q *@node*&!*04&!*01&!*12 옵션을 붙여주면, 01번, 04번, 12번 node를 제외한 나머지 node만 사용해서 mpi를 돌리게 됩니다.
